Zanieczyszczenie wód definuje się jako negatywne zmiany, we właściwościach fizycznych, bakteriologicznych, i chemicznych, które zostały spowodowane wprowadzeniem do danego akwenu wodnego, zbyt dużej ilości substancji stałych, płynnych lub gazowych, radioaktywnych, organicznych czy samego ciepła, które to czynniki ograniczają lub uniemożliwiają korzystanie z wody, w celach gospodarczych.

Największy wpyw na zanieczyszczenie wód, mają wpływ substancje chemiczne, bakterie czy inne mikroorganizmy, które występują w wodach w nadmiernej ilości. Organiczne i nieorganiczne substancje chemiczne występują w postaci roztworów i zawiesin.

Skład zanieczyszczeń kształtowany jest przez czynniki naturalne, takie jak rozkładaniem się gleb, skał, czy rozwojem organizmów wodnych.

Najczęściej występującymi zanieczyszczeniami wód są pestycydy, węglowodory ropopochodne, metale ciężkie (ołów, chrom, kadm, cynk, rtęć czy miedź), fenole, czy chlorowe pochodne bifenylu. Oprócz związków chemicznych, równie niebezpieczne dla wód jest dostanie się do nich wód zanieczyszczonych termicznie (podgrzanych).

Są one wyjątkowo niebezpieczne dla wód powierzchniowych lub wód stojących. Działają one bardzo toksycznie na organizmy żyjące w wodzie, jednocześnie będąc bardzo trwałymi w środowisku wodnym. Ten rodzaj zanieczyszczeń, bardzo trudno ulegających biochemicznych procesom, nazywamy substancjami refakcyjnymi.